C'est une « Hallekerque » ou église-halle (une nef centrale et deux nefs latérales).
On est porté à croire qu'elle fût construite au XIVème siècle ; car d'après d'anciens manuscrits, le seigneur Jean Van Houtte y a été inhumé en 1398.
Sandérus nous dit, dans un de ces ouvrages, que l'église de Flêtre avait au départ deux nefs. Une troisième viendra s'y ajouter. Vers 1727, les deux plus anciennes nefs furent démolies puis toutes reconstruites à la même hauteur que la troisième. Il n'y eut plus de changement jusqu'à la Révolution française. Les trois cloches étaient abritées dans un Klokhuys, tour extérieure en bois, identique à celles que l'on peut admirer à Eecke ou à Hardifort.
En exécution de la loi du 5 novembre 1790, les deux plus petites cloches furent enlevées et expédiées à la monnaie. La plus grande, qui était restée, pesait 1500 kg ; cette dernière s'était fêlée le jour de la Toussaint 1808. Elle fut fondue en deux autres : l'une pèse 1014 kg et l'autre, 550 kg. En 1824, une souscription, faite dans la paroisse, permit d'en établir une troisième qui pèse 758 kg.
Le 13 mai 1799, l'église fut vendue aux enchères et achetée par une société connue sous le nom de la Bande noire. 207 000 francs en bons du Trésor, tel fut le prix du sanctuaire ! La commune avait envoyé des délégués à la vente pour acheter l'édifice en son nom, mais ceux-ci s'étaient refusés à faire monter les enchères, persuadés de pouvoir racheter l'église à bon prix à la Bande noire. Elle fut tellement exigeante que le marché ne pût se conclure. Le 2 août 1799, les démolisseurs sont là. La population (prévenue par le son de cloche actionné par un Flêtrois) accourt aussitôt et s'oppose durement à la démolition. Échelles et outils de travail seront jetés dans les fossés du château. Les femmes, très en colère, commencèrent à murmurer, à lancer des sarcasmes contre les ouvriers et à faire pleuvoir sur eux une grêle de pierres. Les démolisseurs battirent en retraite. La Bande noire porta plainte au directoire départemental. Les habitants de la commune qui tenaient tant à leur église déléguèrent quatre personnes pour tenter de racheter le bâtiment paroissial. Avec l'appui d'un juge de la paix, il n'y eu cependant pas de suite judiciaire. Le 9 août 1799, l'acte de vente était signé par devant Me Crendale, notaire à Bailleul. Les acquéreurs remboursèrent en l'état le prix d'achat, ainsi que les frais et allouèrent une indemnité de 2950 francs à la Bande noire qui cessait toute poursuite judiciaire.
Un nouveau clocher est venu remplacer le Klokhuys ; il était inauguré le dimanche 27 septembre 1903, lors de la ducasse. Il correspondait à un vœu unanime de la population.
En 1906, de nouvelles altercations devaient avoir lieu lors de la séparation de l'Église et de l'État, pendant la réalisation de l'inventaire des richesses que possédait l'église.
Un véritable musée d'art religieux se trouvait à l'intérieur. On y voyait :
• de superbes verrières du XVIème siècle restaurées avec goût au XIXème siècle,
• un antique tabernacle en forme de tour, ...
• Une chaire de vérité ornée de quatre évangélistes et une table de communion en chêne artistiquement travaillé par un certain Dumoulin, sculpteur et menuisier à Hazebrouck vers 1759,
• deux pierres tombales du XVIème siècle sculptées en relief représentant des anciens seigneurs et dames de Flêtre, ...
• deux tableaux peints ; dont l'un représentait un Christ en croix à la manière espagnole et l'autre, Antoine Van Houtte, seigneur de Flêtre, chargé de chaînes en souvenir de sa défaite à Coxyde. un gracieux monument moderne (3,90 m x 3,15 m), érigé en 1895 en l'honneur du plus illustre enfant du village, Jacques de Meyere, notre grand historien flamand, qui y naquit le 16 janvier 1492. Avec la guerre de 1914 à 1918, venue avec son cortège de dévastations et de ruines, l'église de Flêtre a perdu une grande partie de ces richesses artistiques.
De nos jours, nous pouvons encore admirer, de chaque côté du porche, les deux pierres tombales et dans le cœur, la table de communion et le tabernacle qui fut dépouillé de neuf de ses statuettes le 4 mai 1978, et entendre le son des trois cloches décrites ci-dessous :
Cloche n°1
Elle a un diamètre de 1200 mm et un poids de 1014 kg. Celle-ci est équipée en lancé franc et produit la note Ré 3. Les inscriptions sur son côté sont les suivantes : Je me nomme Marie-Thérèse. J'ai pour parrain Jean-Baptiste Dieusaert ancien greffier et pour marraine demoiselle T. Lamoot et j'appartiens à la commune de Flêtre. Fondue par Garnier et les Drouot père et fils - 1808.
Cloche n°2
Elle a un diamètre de 1090 mm et un poids de 758 kg. Celle-ci est équipée en lancé franc et produit la note Fa 3. Les inscriptions sur son côté sont les suivantes : ik zyn hier door gunst van geld t weede klocke lset gestelt - M.J. Noel étant cure et P. Dieusaert maire. J'ai été donnée à l'honneur de Dieu par les habitants de Flêtre. Le Sr Staes membre du conseil municipal et demoiselle Rosalie Vanacker rentière m'ont donné les noms de Marie-Rosalie. Fondue par les frères Drouot. L'originalité des instructions montre que la date de la cloche est notée en chronogramme : IYIDUVLDWDLCLL (1824).
Cloche n°3
Elle a un diamètre de 980 mm et un poids de 550 kg. Celle-ci est équipée en lancé franc et produit la note Sol 3. Les inscriptions sont les suivantes : Je me nomme Marie-Cécile. J'ai pour parrain M.P.H. Coutre maire et pour marraine Mme Caboche épouse de M.P.J. Vanuxem adjoint et j'appartiens à la commune de Flêtre - 1808.